1、不能與殺菌劑混合運用，防治根腐病、根癌等土傳病害；（見殺菌劑就死亡）

2、紫外線可以殺滅微生物南通菌肥里面的生物活性菌；（見紫外線就死亡）

3，與化肥混用要留意化肥用量不能過大。高濃度的化學物質對南通菌肥里的微生物有毒害作用。

4，留意溫渡過高，過低，干旱條件下的作物田塊不建議施用生物菌肥。會影響菌肥活性。

5，留意不要沖施生物菌肥，由于水會沖散菌群，影響菌肥效果。

6，留意：菌肥中的菌賴以生活的條件是無機質。通常把無機質稱爲生物菌的載體。也就是說無機質是生物菌賴以生活的食物。

      所以一定記得補充土壤無機質確保菌肥成效！菌肥消費中載體很重要，關乎菌的活功用力。話說回來，土壤中有足夠的無機物或腐殖質時微生物才干更好的生活繁衍起作用，激活其他營養元素。微生物菌在土壤中作用主要是發作各種酶，分解各種養分，發作各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養分。而微生物菌要成活和繁衍，土壤中要有足夠的無機質才行。所以我們倡議無機肥和和菌肥搭配運用！土壤無機質含量足，土壤理化性狀就好，加強了土壤有益微生物的活動，從而促使無機物分解轉化，發作多種營養物質和撫慰性物質，反過來又撫慰微生物的生長發育，促進作物生長，最終抵達增產增收的目的。

      缺了無機質的土壤含水性差，各類肥料溶液向作物根部“表達”才干差，致使根系生長的內在撫慰缺乏。土壤無機質缺失，會使化肥對土壤板結影響的烈度愈加凸顯。而無機質豐厚，化肥的使用率就大大提高了，化肥殘留于土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質會因轉化爲水溶無機化合物， 以及豐厚的土壤微生物的多重作用而無害化，使土地可以永續耕作。

      所以歸根結底，化肥“使土壤板結”的負面作用并不是化肥之過，而是人們無視了向土壤施用足量的無機肥料的結果。土壤中無機質缺乏，微生物繁衍所需的碳源缺乏，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源撫慰太弱，根系就失掉了生長的外部撫慰。土壤板結和藥害（土壤中農藥殘留嚴重）構成農作物多種病害。假設土壤中無機質豐厚，這些危害是可以減輕甚至是可以避免的。