一、與化肥混施好處多

　　有些菜農認為，南京菌肥不能與化學肥料混用。混用后，高濃度的化學物質就會殺滅南京菌肥中的活性菌，因而致使菌肥失去效果。其實菌肥可與化肥混合使用。如過磷酸鈣等施入土壤后易被固定，而且單獨施用較大量的化肥或化肥施用不均勻時，容易對作物產生毒副作用，還容易燒根，造成黃苗等現象，如果施用化肥時配合沖施土壤等生物菌劑，則會減少根系被大化化顆粒燒傷等問題發生。

二、少量多次效果更好

　　土壤中施入較多的菌肥，雖然不會出現燒根燒苗現象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，雖然不會向化學肥料那樣造成蔬菜燒根死苗，但最增加了肥料投入成本。因此，應根據不同作物的需要和土壤養分狀況，科學地沖施生物菌劑，才能達到經濟利益更大化。

　　在土壤狀況比較正常的情況下，一般以一次每畝(667平方米)施用生物菌劑1公斤左右為宜，連續使用2~3次，堅持少量多次，這樣可以更大程度地發揮生物菌活化土壤的作用。

三、滿足生物菌肥肥效發揮條件

       生物菌劑含有大量的有益微生物，這些微生物能夠釋放土壤中的不可溶性磷鉀等肥料元素，施用后增效顯著。但是，這類微生物多是好氣性菌類，它們的一切生命活動，都需要適宜的溫度、水分和適量的氧氣，并且微生物的生長繁殖需要有機質作為營養物質。因此，基肥更好施用一定量的有機肥，沖施土壤多菌寶時水不要過大，防止菌劑淋溶至深層土壤，氧氣不足，影響微生物的活性，降低使用效果。